Den 10 november 1815 bildades Kommittén för utgivande av handskrifter rörande Skandinaviens historia. Ordförande var utrikesstatsministern Lars von Engeström, men den verklige tillskyndaren var Adolf Ludvig Stierneld, överkammarherre och historisk samlare.
I ett försök att få stöd från kungahuset påpekade han hur “enskilte skatter av gamla och nya handskrifter” befann sig nära förstöring. Detta resulterade i ett ordentligt bidrag som lades till grund för upprop hos höga herrar och lärde män, av vilka flera förmåddes lova ett årligt belopp. Dessa personer kallades sedan till ett konstituerande möte, utgivningen av den första serien “Handlingar rörande Skandinaviens historia” inleddes, och 1821 fastställde Karl XIV Johan stadgarna för det som nu blev Kungl. Samfundet för utgivande av handskrifter rörande Skandinaviens historia, bestående av ett antal valda ledamöter.
De första årens snabba utgivning präglades snarare av anekdotisk historieskrivning än av verklig källkritik. En omsvängning kom omkring 1830 då samfundet, inspirerat av sin sekreterare Bror Emil Hildebrand med biträde av Hans Järta, för en längre period blev nästan ensamt seriös utgivare av historiskt källmaterial. Samfundets amanuens Carl Gustaf Styffe inledde 1851 en banbrytande serie inventeringar av offentligt och enskilt arkivmaterial. Under sekreteraren Hans Hildebrand blev samfundet under lång tid utgivare av Stockholms stadsböcker.
Det slutgiltiga steget mot dagens Kungl. Samfund togs 1896 med de stadgar som fortfarande gäller och som föreskriver två årliga sammanträden. De framstående samlarna och magnaterna ersattes alltmer av vetenskapsmän. En av dessa, historikern Claes Theodor Odhner, blev ordförande och följdes på posten av sin efterträdare som riksarkivarie Emil Hildebrand. Med Severin Bergh som sekreterare och Johan Axel Almquist som skattmästare inleddes ungefär samtidigt två viktiga karriärer i samfundets tjänst.
De högre kraven har också påverkat utgivningstakten, som i genomsnitt håller sig på en volym årligen. Under 1970-talet inleddes en ny publikationsserie i modern form. Bland senare års ordförande märks Erik Lönnroth och Herman Schück, och Kungl. Samfundet omfattar idag 160 svenska och 39 utländska ledamöter. Dessa är valda mot bakgrund av vetenskapliga meriter inom området och återspeglar historiska discipliner, arkiv och bibliotek.
I en tid av brytning mellan traditionella utgivningsformer och digitala medier fortsätter samfundet att med sin verksamhet främja forskning och historiska intressen.